جکسن برای نخستین بار در سال ۱۹۰۳ م. به ایران مسافرت نمود و در این سفر از کوه بیستون بالا رفت و سنگ نبشته داریوش را از نزدیک مورد مطالعه قرار داد. حاصل این سفر کتاب «سفرنامه جکسن» است که در سال ۱۹۰۶ م. منتشر شد. وی دوباره در سال ۱۹۰۷ م. و سپس در سال ۱۹۱۰ م. به این نواحی مسافرت کرد و در بازگشت به آمریکا کتاب از قسطنطنیه تا زادگاه عمر خیام را نوشت. این کتاب نشان میدهد که علاقه جکسن منحصر به تحقیق در زبانهای اوستایی ایران نبوده و او به شعر و شاعران فارسی گوی نیز سخت دل بسته بود، به گونهای که دیوان شاعران ایرانی، کتابهای بالینی او بوده که هر شب پیش از خوابیدن میخوانده است.
جکسن بعدها به تحقیق درباره دین مانی پرداخت و در سال ۱۹۲۳ م. کتاب آئین مانوی را منتشر کرد و سپس چندین مقاله در این ارتباط انتشار داد و در همان سال مهمترین تالیف جکسن در این زمینه، با عنوان تحقیقی درباره دین مانی با توجه به اوراق تورفان منتشر شد. این تحقیقات، اگر چه گاه از حیطه ایران شناسی دور میگردد و به لحاظ محتوا نیز خالی از نقص نمیباشد؛ ولی چنان ارزنده است که ستایش و حق شناسی محققان در دین مانی را برانگیخته است.
وی علاوه بر مطالعه و تحقیق درباره ایران، به هند نیز مسافرت کرد و در ارتباط با زبان سانسکریت تحقیقات قابل توجهی ارائه داد. کتاب تاریخ هند در نه جلد نتیجه این پژوهشها است.
جکسن چندین بار دیگر به هند و ایران مسافرت کرد و برای شرکت در کنگرههای بین المللی شرق شناسان بارها به اروپا سفر کرد. وی در تابستان ۱۹۳۱ م. مبتلا به بیماری سختی شد و از فعالیت خود به ناچار کاست و در ۱۹۳۵ م. نیز از دانشگاه کلمبیا بازنشسته شد؛ ولی همچنان به تحقیق ادامه و قصد نگارش کتابی درباره دین مانی را داشت که عمرش وفا نکرد و در سال ۱۹۳۷ م. درگذشت.