دكتر مصطفي حبيبي در سال 1283 در خانه اي اجاره اي دچنين براي تدريس نسج شناسي و جنين شناسي در دانشكده طب ماموريت يافت.
دكتر حبيبي يك انسان منادي صلح و علم بود و كوشش هر كوچه باغ مروي تهران در يك خانواده فرهنگي به دنيا آمد. پدرش ميرزا علي محمدخان گلپايگاني اهل علم بود و در وزارت معارف كار مي كرد. تحصيلات ابتدايي را در مدرسه اقدسيه و دوره ي متوسطه را در سال 1304 به پايان رسانيد. به فن عكاسي و كاركردن با ميكروسكوپ علاقه و عشق وافر داشت، چنانچه در حين تحصيل دوره متوسطه ميكروسكوپي به دست خود تهيه كرد كه قدرت بزرگنمايي آن در حدود 150 مرتبه بود.
بر اثر اين كار مورد تشويق دكتر گل گلاب استاد خود قرار گرفت. از قول دكتر گل گلاب چنين نوشته شده است: «ساختن ميكروسكوپ در آن زمان مايه ي تعجب بود و از فكر باز و روشن حبيبي و قدرت ابتكارش حكايت مي كرد.» حبيبي براي ساختن ميكروسكوپ براي ذره بين چشم بين (اكولر) از ذره بين هاي دوربين و براي شيء بين (ابژكتيو) از ذره بين كوچكي استفاده كرد. ابتكار حبيبي در آن موقع مورد توجه همگان واقع شد.
دكتر حبيبي پس از پايان تحصيلات متوسطه وارد مدرسه عالي طب شد و تا سال 1307 در اين مدرسه به تحصيل ادامه داد. هنوز دو سال از شروع تحصيلاتش در طب نگذشته بود در سمت منشي دومي اداره طب قانوني مشغول كار شد. در سال 1307 دكتر حبيبي در مسابقه ي دانشجويان اعزامي شركت نموده و پس از قبولي براي تحصيل رشته طب به اروپا روانه گشت.
در فرانسه سال اول طب را در بردو و بقيه تحصيلات پزشكي را در پاريس به انجام رسانيد. در سال 1935 ميلادي (1314 شمسي) پس از گذرانيدن پايان نامه خود درباره ي «تشخيص تومورهاي پستان به وسيله گذراندن نور از آنها» به دريافت ديپلم دكتري از دانشكده پزشكي پاريس و مدال علمي نائل آمد.
دكتر ميمندي نژاد مي نويسد حبيبي «از سال سوم پزشكي به مطالعه كردن بافتها و ضايعات آنها مجذوب گرديد. هر وقت فرصتي مي يافت به آزمايشگاه بافت شناسي و آسيب شناسي مي رفت، ساعت ها مي نشست مقطع هاي تهيه شده را زير ميكروسكوپ مي ديد و هرقدر بيشتر مطالعه مي كرد، مجذوبتر مي شد.»
اين علاقه سبب گرديد اداره سرپرستي از وزارت معارف تقاضا كند به او اجازه دهند در رشته آسيب شناسي كار كند و در اين فن متخصص گردد. در پايان دوران تخصصي آسيب شناسي موفق به دريافت گواهي نامه هايي از دانشمندان برجسته آسيب شناسي فرانسه شد.
پس از خاتمه تحصيل و كسب تخصص در رشته آناتومي پاتولوژي در سال 1315 به وطن بازگشت و خود را به وزارت معارف معرفي كرد. براي اين كه از نظر تشخيص بيماريها پزشكان را ياري نمايد، براي اولين مرتبه در ايران به تاسيس آزمايشگاه تشريح مرضي در منزل خود اقدام كرد. همايش در زندگي اين دو نكته را به خوبي نشان مي دهد. اهداء يكصد عدد كپي كه در آزمايشگاه آسيب شناسي دانشكده پزشكي تهيه كرده بود براي دانشكده ي استالين گراد به خاطر شهامت مردم استالين گراد در برابر قواي مهاجم نمونه بارزي از اين طرز تفكر دكتر حبيبي است.
دكتر حبيبي از موجدين آموزشگاه هاي بهداري شهرستان ها و دانشكده پزشكي تبريز بود و در اين راه زحمات بسيار متقبل شد. چنان چه با وجود ابتلاي به بيماري قلبي در پنج سال پايان عمر خود چهار مرتبه به مشهد و دو مرتبه به شيراز و اصفهان براي تاسيس آموزشگاه بهداري و رسيدگي به امور آنها و يك مرتبه به تبريز براي تاسيس دانشكده پزشكي مسافرت كرد. در سال 1326 آخرين ماموريت خود را كه افتتاح دانشكده پزشكي تبريز بود
در تاريخ 9/9/1323 كه به اجبار به علت كسالت و در پي درخواست هاي مكررش با استعفاي دكتر حبيبي از سمت معاونت موافقت مي شود. رئيس دانشگاه تهران دكتر علي اكبر سياسي در حكمي كه با استعفاء دكتر حبيبي موافقت مي كند مي نويسد: «... ناچار با كمال تاسف با استعفاي شما موافقت به عمل آمد. اينك لازم مي داند متذكر شود كه شما در تمام مدت تصدي با نهايت دقت و درستي وظايف محوله را انجام داده كارداني خود را در قسمت اداري نيز به اثبات رسانديد. از اين رو، مراتب قدرداني خود را ابراز مي نمايم و اميدوارم در خدمات علمي همواره موفق و كامياب باشيد.»
با وجود كسالت شديد و با آن كه جسمي كاملا خسته داشت معهذا تا آغاز سال 1326 با سمت بازرس آموزشگاه هاي بهداري شهرستانها به تمام آموزشگاه هاي بهداري شهرستان ها كه خودش پايه گذار آنها بود سركشي مي كرد و در رفع نواقص آن ها حداكثر تلاش و كوشش را به خرج داد.
